Elever som är speciellt intresserade av musik kan från årskurs 3 få intensifierad musikundervisning i så kallade musikklasser i Minervaskolan. Elever från alla skolor i Helsingfors kan söka till Minervaskolans musikklasser inför åk 3. Elever som går i musikklass har 5 veckotimmar musik. Målet för musikklassverksamheten är att skapa en skolmiljö som genomsyras av musik och musicerande. Musikklassverksamheten vill utveckla elevernas naturliga intresse för musik och ta till var deras musikaliska färdigheter. Musikundervisningen är inte yrkesinriktad. Den som vill börja i musikklass behöver inte kunna spela något instrument, bara ett gott gehör är en nödvändighet.
Musikklassidén i den form den bedrivs i musikklasser och musikskolor i vårt land kommer från Ungern och lanserades av tonsättaren och musikpedagogen Zoltán Kodály. Han ansåg att målsättningen för den grundläggande musikundervisningen är "att lära barnen se det de hör och höra det de ser". Förutom att lära sig att lyssna, sjunga och spela, får eleverna lära sig att läsa, skriva och skapa musik för att förstå sin egen musikkultur. Zoltán Kodály talade om det musikaliska modersmålets betydelse.
I Minervaskolans musikklasser används en inhemsk tillämpning av Kodály-metoden, som utgår från den finlandssvenska musiktraditionen. Det inre hörandet utvecklas genom systematiska gehörsövningar. Elevernas förmåga att lyssna och koncentrera sig förstärks. Träningen har därför en positiv inverkan också på elevernas övriga skolgång.
Läroplanen för musikklasserna är gedigen och ger eleverna en god allmänbildning i musik. I undervisningen ingår sång- och körutbildning, gehörsutbildning, enkelt instrumentspel, musikkunskap, musik och rörelse samt musikskapande på traditionellt sätt och med datorns hjälp.
Man strävar till at musiken skulle genomsyra all undervisning i musikklass. Det är därför naturligt att man utgår från den musikaliska upplevelsen i olika undervisningssituationer. Musiken är en brobyggare som skapar ämneshelheter.